Under den europeiska medeltiden infördes diskriminerande lagar som begränsade judars religiösa och ekonomiska rättigheter. Högmedeltidens judar tvingades leva i ghetton och bära särskilda kläder för att avskilja dem från den kristna befolkningen. Det gjordes även inskränkningar på judars näringsverksamhet vilket innebar att judar i stort sett endast tilläts bedriva penningutlåning mot ränta eftersom detta var förbjudet för kristna enligt kyrkan. Det är härifrån bilden av ”juden” med pengar och pengautlåning blev allmänt känd. Däremot förekom samma antijudiska föreställningsvärld redan i den sedan länge etablerade kristna kontexten och kunde i och med medeltidens lagar vidareutvecklas som stereotyp.  

Under 1000-talet tog de kristna s.k. korstågen fart för att befria det heliga landet från “barbarism”. Människor i Europa nöjde sig inte med att endast ge sig på judar, muslimer och andra kristna grupper i området runtomkring nuvarande Israel, utan folkliga korståg tog fart i Europa, och främst det område i västra Tyskland som kallas Rehnlandet. Den judiska befolkningen i Rehnlandet förföljdes och mördades under förevändningen att judarna korsfäst Jesus (något som är bevisat osant). Anledningarna till judeförföljelserna finns däremot att hitta i ett pågående folkligt uppror, att många korsfarare var skuldsatta och att man behövde pengar. Judarna hade under åren lyckats bygga upp en stabil ekonomi och att beskylla, mörda och fördriva judar blev en enkel lösning på folkets problem som därefter kunde lägga beslag på judarnas tillgångar. 

Judefientligheten i Europa blev med tiden allt mer folklig och mytbildning utvecklades. Judar anklagades för att vara djävulens redskap, begå ritualmord på kristna barn och beskylldes för att förgifta brunnar och på så sätt orsaka pesten. Därtill ansågs judar vara hämndlystna, väsensfrämmande, ondskefulla, ohederliga, giriga, parasiterande och mindre mänskliga. Olika negativa föreställningar om judar har trots att de saknat saklig grund fortlevt och blommat upp igen då särskilda omständigheter förelegat.  

Judarna på den iberiska halvön (nuvarande Spanien och Portugal) tvingades 1492 att välja mellan att lämna landet, konvertera till kristendomen eller dö. Även muslimerna i området fick tio år senare samma val. Av landets judar och muslimer valde hundratusentals att lämna landet, tusentals begav sig upp i bergen och förde gerillakrig och ungefär tvåhundratusen judar och en miljon muslimer konverterade till kristendomen. För att den spanska kronan skulle kunna reda ut vilka av invånarna som var nykristna konvertiter (judar och muslimer som hade konverterat) och vilka som var ”rena” kristna införde Spanien doktrinen blodsrenhet (limpieza de sangre). För att bevisa att man kom från en ren kristen familj var Spaniens invånare tvungna att uppvisa en stamtavla och först då kunna få ett statligt ämbete, vara köpman, bli militär med mera. På så sätt kunde judar och muslimer fortsätta att avskiljas från majoritetsbefolkningen även om dessa assimilerats och anpassat sig till systemet och de behålls således som andra klassens medborgare.  

På 1500-talet utvecklades begreppet ras ur spanskans raza för att benämna olika människotyper och därmed framställdes judar och muslimer som underlägsna raser. 

Den religiöst orienterade antisemitismen tonar under 1800-talets gång ned till förmån för ett mer rasorienterat judehat. Det är även nu som det nya begreppet antisemitism myntas av den tyske journalisten och judehataren Wilhelm Marr, år 1878. Biologiska förklaringar till annorlundahet blir mer och mer betydelsefulla och det är även denna tanketradition som når sin höjdpunkt under nazismen. 1800- och 1900-talet bidrog med nya komponenter till den växande och föränderliga antisemitiska idévärlden, nämligen att judar exploaterar den moderna demokratin, att judar kontrollerar massmedia och idén om judars rasmässiga annorlundahet. Trots att dessa idéer blir mer framstående under 1800-talet kommer de ur den antijudiska syn som växte fram under medeltiden. 

Omkring sekelskiftet publicerades en fabricerad text som kom att få stort inflytande över synen på judar i framförallt Ryssland men senare även i andra delar av världen. Texten kallas för “Sions vises protokoll” och utger sig för att vara ett protokoll från den sionistiska kongressen i Basel 1897 där det avslöjas en hemlig plan för hur judarna ska erövra och förslava den icke-judiska befolkningen. Protokollet påstår att judarna ska ta makten över press, banker och politiska rörelser genom att använda sig av socialism, kapitalism, liberalism och demokrati som verktyg för att ge stöd åt kriser och framkalla motsättningar, vilket skulle möjliggöra judisk kontroll.  

Utgivningen av Sions vises protokoll sammanföll med en serie pogromer mot ryska judar. Protokollet visar sig senare vara en förfalskning hopdiktad av antisemitiska kretsar i Ryssland som en reaktion på politiskt missnöje. Protokollet åberopas senare i historien av nazisterna som stöd för bilden av den judiska världskonspirationen och som ett existentiellt hot mot Tyskland och den “ariska rasen”. I sin förlängning utgjorde dessa idéer ett viktigt motiv för folkmordet på Europas judar. Protokollet spred sig snabbt över världen och trots att den redan år 1921 avslöjades som fabricerad florerar den än idag i antisemitiska miljöer. 

År 1922 grundades i Uppsala Statens Rasbiologiska institut med uppgift att erhålla vetenskaplig grund för rashygieniska åtgärder. Enligt rashygienen ansågs rasblandning leda till dålig karaktär och svaga individer. Med rasbiologiska institutet i förarsätet var Sverige under 1920–1930-talet ledande inom den rasbiologiska forskningen. Det rasbiologiska institutet i Uppsala utgick från att mänskligheten var uppdelad i olika raser, där den vita rasen ansågs överordnad andra icke-vita “raser”. Rasbiologin som vetenskap var som mest populär i början av 1900-talet tills det att nazismen fick sitt genomslag i Tyskland.

Förintelsen och nazisternas förföljelse av judar uppkom inte ur ett vakuum utan är en konsekvens av ett tusenårigt antijudiskt tänkande i Europa. Pogromer mot judar har förekommit genom alla tider men var statligt sanktionerade under 1800-talet, vilket i slutändan tvingade mellan två och tre miljoner judar på flykt ut ur Europa och till USA. När nazisterna kom till makten på 1930-talet påbörjade de sin antijudiska politik stegvis. Judars medborgerliga rättigheter begränsades och de tvingades identifiera sig som judar. I nästa led segregerades judar från övrig befolkning och koncentrerades i ghetton på ockuperad mark. I takt med att andra världskriget utvecklades på östfronten började nazisterna planera den fysiska utrotningen av judarna, ett sätt att bli av med denna oönskade befolkning. Den 31 juli 1941 utfärdade Hermann Göring en skriftlig order att förbereda en ”slutgiltig lösning av judefrågan”. Judar deporterades från ghetton till arbets- och förintelseläger. Under Förintelsen mördades ca sex miljoner judar. 

I och med Förintelsens grymheter mot judar tog många länder efter kriget avstånd från antisemitism och judefientligheten var, i de flesta demokratiska stater, inte längre rumsren. Det innebar däremot inte att antijudiska tankemönster hade försvunnit. Dess stadiga kulturella etablering och långa djupa avtryck i europeisk kultur har gjort att antisemitismen fortlevt. Nazistiska grupperingar fortsatte efter 1945 att hysa kraftigt antisemitiska åsikter, liksom Sovjetunionen och fler kommunistiska stater i Östeuropa fortsatt bedrev politiska kampanjer med antisemitiska inslag. 

År 1968 fördrevs mellan 13 000 och 20 000 polska judar ut ur det kommunistiska Polen som en konsekvens av en antisemitisk kampanj som fördes under ”antisionistisk” flagg. De judar som då fördrevs var en spillra av de judar som överlevt Förintelsen och stannat eller återvänt till Polen efter befrielsen.