På 1300-talet hävdar den svenska kronan rätt till områden norr om Hälsingland. Storbönder som bor i Norrbotten och Västerbotten får befogenhet att bli mellanhänder mellan svenska staten och samerna och får på 1400-talet rätt att beskatta samer mot en avgift till Kronan. En målmedveten politik för att få kontroll över de s.k. “lappmarkerna” inleds under Karl IX:s tid och fortsätter under hela stormaktstiden.  

På 1550-talet har Kronan under Gustav Vasas regi upptäckt rikedomar i de samiska områdena och skickar upp sina fogdar till Norrbotten och Västerbotten för att registrera samer och få olika råvaror från dem. När präster på 1600-talet reser till samemarkerna återger de ett exotiskt folk som beskrivs som vildar och barbarer och deras boende och försörjningsmetoder förstås som en last. Att samer inte brukar marken genom åkerbruk och boskapsskötsel förklaras utifrån folkets lättja. Det är även under 1600-talet som samernas särskilda egenskapsstereotyp tar form där samer beskrivs som räddhågade och i avsaknad av krigiska anlag. De samiska kvinnorna är grälsjuka påstås det samtidigt som samiska män å ena sidan beskrivs som glada i brännvin och våldsamma och å andra sidan som lugna och fridfulla. Prästernas framställningar av samer kommer att få stor betydelse för centralmaktens syn på dem.  

För att stärka statens kontroll i samemarkerna tillsätts “lappmarkspräster”. Dessa läser upp kungliga skrivelser och för bok över den samiska befolkningen. Kyrkoplikt införs och staten inrättar skolor vars främsta mål är att utbilda samiska präster och lärare som ska verka bland den nomadiserande delen av den samiska befolkningen. Skatter för samer höjs under 1600-talet till det dubbla vilket leder till en försörjningskris som tvingar många samer ut på vägarna för att tigga. 

I kartläggningen vid namn Systema Naturae från 1735  presenterar botanikern Carl von Linné ett system på de olika “varieteterna” av människor. Människovarietererna delas upp efter ursprung och hudfärg med tillhörande egenskaper: europeisk (vit), afrikansk (svart), asiatisk (gul) och amerikansk (röd). I jakt på en uppföljare till Systema Naturae beger sig Linné två år senare till Lappland för att samla information om samerna och deras levnadssätt. Han blir till en början rädd för deras mörka drag och fattigdom men finner senare samerna vara ett spännande folk som funnit lyckan i det lilla. Konstruktionen av samer som ett underligt och främmande folk förstärks i och med Linnés inflytelserika skildringar. Linnés resa till Lappland sammanfaller med svenska statens ökade intresse för kolonial expansion i samemarkerna och samerna trängs allt mer undan till förmån för svenska nybyggare.   

I och med gruvnäringens expansion har flertalet samer förlorat sin rennäring i takt med att betydelsen av rennäring har tappat värde för staten. Samtidigt utvecklas en problematisering av gruppen samer och åtgärder för hantering av kringströvande och tiggande samer, då kallade “fattiglappar”, diskuteras.  

I och med 1800-talets ökande nationalism och rasorienterade tänk utvecklas bilden av samer som en främmande ras som bör upphöra med sina otäcka seder och traditioner. Missionsarbetet för att kristna samerna är en drivande del i att sudda ut den samiska religionen, vilket pågått sedan 1600-talet. Med den biologiska vetenskapens intåg under 1800-talet förskjuts fokus från religion till den samiska kroppen och anatomin. Rasbiologi används som verktyg för att legitimera övertagandet av samiskt territorium. Samer pekas ut som lägre stående, primitiva och annorlunda i jämförelse med en tänkt nordisk ras. Ändrad historieskrivning gör dessutom samer till invandrare. Samer påstås ha kommit österifrån och anses därför inte ha rätt till markerna, eftersom de menas ha anlänt senare än den nordiska, germanska rasen. Historieskrivningen används här för att berätta en annan version av den svenska statens historia och sammankoppla svenskarna till territoriet Sverige.  

1800-talet är också århundradet då skallmätningen tar fart. Samer anses “kortskalliga” och tillskrivs egenskaper som odugliga, sluga och bedrägliga. Samiska gravplatser plundras för att mäta kranium, en utgång av Anders Retzius nypåfunna “kraniologi” och ökad vetenskaplig turism till området av forskare från hela Europa. Verksamheten får gediget bistånd från de svenska myndigheterna. Inte nog med det används emellanåt levande samer i skolundervisning och till och med på cirkus, nöjesfält och zoologiska trädgårdar och visas upp inför publik runtom i Europa. 

En lag vid namn Renbeteslagen tillkom år 1886 som orsakade splittringar i, omplaceringar och kategoriseringar av den samiska gruppen. Lagen gav dem som uppfyllde lagstiftarens idé om vad en same var rätten att använda mark som tidigare ansetts vara i statens ägo. Den som enligt svenska staten var same var följande: en renskötande, nomadiserande fjällsamisk man som ingick i en sameby. Så fort en same blev bofast eller bonde (och inte längre var nomad) ansågs denne som svensk och staten kunde dra tillbaka ägandet av marken. Detta innebar också att samer som inte ägnade sig åt rennäring inte kom att betraktas som samer och förlorade i och med detta både rättigheter och samisk identitet. 

Utformandet av det som anses vara den “samiska rasen” med dess inneboende egenskaper och särskilda utseende blir än mer påtaglig under början och första hälften av 1900-talet. Beskrivningarna av samer är genomgående negativa och intresset för skallmätning och rasforskning är fortsatt aktuellt. 

År 1922 grundades i Uppsala Statens Rasbiologiska institut med uppgift att erhålla vetenskaplig grund för rashygieniska åtgärder. Det rasbiologiska institutet i Uppsala utgick från att mänskligheten var uppdelad i olika raser där vita var överordnade icke-vita. Herman Lundborg som blev chef för institutet hade sedan innan ägnat sig åt skallmätning och fortsatte sina efterforskningar i norra Sverige där han bl.a. undersökte konsekvenserna av rasblandning bland samer, svenskar och finnar. Enligt rashygienen ansågs rasblandning leda till dålig karaktär och svaga individer. Lundborg lyckas aldrig uppvisa resultat från sin forskning men vidhöll ändå att rasblandning leder till “ohejdad själviskhet, tygellöst leverne och brottslighet” (Catomeris 2004:204). De rasbiologiska efterforskningar som genomfördes under det tidiga 1900-talet orsakade stor skada bland den samiska befolkningen. Gravplatser plundrades, levande samer tvingades stå nakna framför “vetenskapsmän” som mätte deras kroppar samtidigt som samtida rön stämplade deras folk som obegåvade och mindervärdiga. 

En föreställning om att samerna tar skada av att bli del av den svenska “civilisationen” får fäste under 1900-talets början. Det befaras att samernas livsstil ska gå under om de inkluderas i det svenska samhället. Samer bör inte bo i bekväma bostäder eller äta sig mätta på svensk mat, påstås det, eftersom detta inte tillhör deras livsstil. Istället ska de samiska barnen gå i samiska internatskolor, så kallade nomadskolor, med avsiktligt dålig kvalitet och enkla boendeformer för att samerna inte ska avvänjas från sitt “hårda levnadssätt”. Riksdagen antar 1913 ett förslag om att undervisning för samiska barn ska undvika att barnen lockas bort från deras “naturliga” levnadssätt, t.ex. rennäring. Som konsekvens av den nya lagen särskiljs samerna ytterligare när det gäller rätten till undervisning där barnen dessutom erbjuds endast en nedbantad version av den utbildning de svenska barnen får. De dåliga sanitära förhållandena och trångboddheten, där 12-14 samiska barn tvingas sova i samma illa isolerade kåta, leder till epidemier och till och med dödsfall bland de samiska barnen på nomadskolorna. “Lapp ska vara lapp”-politiken bidrar förutom detta till att i det allmänna medvetandet sudda ut existensen av icke renägande samer eftersom dessa inte passar in i bilden av vad en same ska vara. 

Inte förrän på 1970-talet beslutar sig det offentliga Sverige för att byta ut den nedsättande termen “lapp” mot same. Benämningen dyker däremot fortfarande upp i skolböcker ända in på 1980-talet. Under samma period, 1970-talet, släpps för första gången samiska representanter in i det som nyss bytt namn till Samefonden som har som uppgift att främja samiska intressen. Före 70-talet har denna fond alltså enbart bestått av svenskar och har tagit emot alla medel från skadestånd som staten betalat ut i samband med anläggandet av gruvor och vattenkraftverk efter andra världskriget – istället för att pengarna skulle gå till de drabbade samerna. År 1993 öppnas ett sameting, men samma år tar man ifrån samerna kontrollen över småviltsjakten i fjällen.